Számtalan előnye közül csak a legfontosabbakat soroljuk fel:

• Az anyatej élő immunanyagokat tartalmaz, amelyek segítik a csecsemő fejletlen védekezőrendszerét. Az anyatej immunanyagai aszerint változnak, illetve módosulnak, hogy az anya környezetében milyen kórokozók és fertőzések fordulnak elő. Ha például náthás lesz, az ellenanyagok rövid időn belül megjelennek a tejében is. Ennek köszönhető, hogy a szoptatott csecsemő vagy el sem kapja, vagy enyhe formában vészeli át a betegséget. Klinikai tanulmányok egész sorában mutatták ki, hogy a megfelelő ideig szoptatott csecsemők lényegesen ritkábban szenvednek bélfertőzésekben, középfülgyulladásban, tüdőgyulladásban és felső légúti fertőzésekben.
• A szoptatás az allergiás megbetegedések kockázatát is csökkenti. Feltételezik, hogy ebben nem csupán a leggyakoribb allergének (tehéntej, szója, azaz a
  tápszeralapanyagok) mellőzésének van szerepe, hanem az anyatej gyulladáscsökkentő hatóanyagainak is.
• Az anyatej laktoferrin nevű fehérjéje megköti a vasat, így a szaporodásukhoz vasat igénylő kórokozók (pl. kóli, sztafilokokkusz, sztreptokokkusz) nem tudnak elszaporodni. A laktoferrin ezen túlmenően úgynevezett immunmodulátor szerepet is betölt, vagyis fertőzés esetén beindítja a csecsemő saját interferon-termelését.
• Az anyatejet gyulladáscsökkentő és antimikrobás összetevői arra is alkalmassá teszik, hogy alkalmanként orrcseppnek, szemcseppnek használjuk. A sebes mellbimbóra is jó hatással van: segíti a gyógyulását.
• Az anyatej bármilyen más táplálékféleségnél jobban hasznosul a csecsemő szervezetében. Az anyatejben a vastartalom biológiai hozzáférhetősége például 50 százalékos, vagyis jóval magasabb, mint a tápszerekben (csak 7 százalék), vagy a csecsemőknek adott gabonatermékekben (4 százalék). Az anyatej kalciumának 75 százaléka szívódik fel a csecsemő szervezetében, míg a tehéntejalapú tápszer esetében ez csak 50 százalék. Az anyatej ezeket az előnyöket a csecsemő hat hónapos kora után is megőrzi, tehát féléves kor után sem érdemes tápszerre vagy tehéntejre áttérni.
• Az anyatej összetétele egyetlen szoptatáson belül és a szoptatási időszak folyamán is változik, mindenkor a csecsemő, a kisgyermek igényeihez  alkalmazkodik. A koraszülöttet világra hozó anya teje speciális összetételű. (Lásd a koraszülött szoptatásáról szóló részt.)
• A szopómozgás segíti az állkapocs, a fogak és a szájizomzat egészséges fejlődését.
• Hosszú ideig szoptató nőknél csökken a mellrák bizonyos típusainak, a csontritkulásnak, a petefészekráknak és az elhízásnak a kockázata.
• A szoptatás hosszú távú védőhatást is gyakorol a gyermekre: többek között csökkenti a diabétesz, a felnőttkori szív- és érrendszeri betegségek, valamint az elhízás kockázatát.
• Az anyatejes táplálás teljesen ingyenes és környezetbarát.